تصرف یک کشتی تجاری متعلق به ارامنه جلفای اصفهان در خلیج بنگال از سوی ناوگان جنگی کمپانی هند شرقی دانمارک در سال 1687 موجب ایجاد اولین رابطه سیاسی بین دربار پادشاهان ایران و دانمارک شد. در 11 دسامبر 1691 (21 آذر 1070 هجری شمسی ) اولین فرستاده ویژه (سفیر) دولت ایران به منظور تسلیم پیام شاه سلیمان صفوی-در خصوص درخواست غرامت کشتی مذکور-در قصر سلطنتی کارلزبرگ به حضور کریستیان پنجم پادشاه دانمارک رسید و استوارنامه خود را تسلیم کرد.
ارتباط بین دول پادشاهی ایران و دانمارک از آن پس نیز در قالب اعزام هیاتها و فرستادگان ویژه ادامه یافته است. از سال 1275 (هجری شمسی)-1876 میلادی-سفرای ایران در دربار امپراتوری روسیه در دانمارک اکردیته بوده اند. با تاسیس سفارت ایران در سوئد در سال 1298 (1919 میلادی)، سفرای ایران در استکهلم و دانمارک اکردیته شدند. در سال 1312 (1933) عهدنامه مودت بین ایران و دانمارک در تهران به امضا رسید و کنسولگری دانمارک در تهران تاسیس شد که بعدا به سفارت ارتقاء یافت تا اینکه سفارت ایران در کپنهاگ در اول اسفندماه 1338 (19 فوریه 1959) بطور مستقل تاسیس و علی اصغر ناصر مسئولت سفارت را بعهده گرفت